Atahuallpa foi o décimo terceiro e último Sapa Inca, que quer dizer imperador, de Tahuantinsuyu, como se chamava o Império Inca.
Ele era filho do Inca Huayna Capac com Tocto Pala. Tocto era uma princesa de Quito que havia se casado primeiro com o Inca Tupac Yupanqui, pai de Huayna. Quando Tupac morreu, ela se casou com Huayna e tiveram Atahuallpa. Mais tarde, Huayna deixou como legado as terras que eram de Tocto, em Quito, para Atahuallpa e designou seu meio irmão, Huascar, como Imperador. Pois segundo a tradição, o imperador tinha que ser Inca e Atahuallpa não era considerado um Inca legítimo. Mesmo assim, essa divisão gerou uma disputa sucessória e Atahuallpa, liderando um grande exército, venceu Huascar numa guerra que durou vários anos.
Conta a história que Atahuallpa ao se dirigir para a cidade de Cuzco, capital do Império, a fim de tomar posse do trono recém conquistado, parou numa cidade andina chamada Cajamarca. E apesar de estar conduzindo cerca de 80.000 guerreiros incas, foi traído e aprisionado pelo conquistador espanhol Francisco Pizarro no dia 16 de novembro de 1532.
O conquistador espanhol Francisco Pizarro, que estava em Cajamarca, o convidou para jantar e conversar na praça principal. Sem desconfiar, o Imperador levou consigo apenas um pequeno contingente de guardas de honra. Quando chegou à praça, que aparentava estar vazia, os homens de Pizarro estavam escondidos, um padre chamado Vicente Valverde veio falar-lhe acompanhado de um tradutor.
O padre exigia que Atahuallpa e seu séquito se convertessem ao Cristianismo e se submetessem à soberania do rei espanhol. Caso não aceitasse, seria considerado inimigo tanto da Igreja Católica quanto do Reino da Espanha.
De acordo com a lei espanhola, a Espanha só poderia declarar guerra aos incas se houvesse uma recusa do Imperador. A esta hora, já havia sido entregue uma bíblia à Atahuallpa, que logo após ouvir o pedido do padre atirou-a ao chão. Esse gesto foi considerado uma grave ofensa aos invasores. E também era o motivo que faltava para iniciar uma guerra.
De acordo com os relatos, em duas horas, mais de seis mil soldados incas foram dizimados e o Imperador foi aprisionado no Templo do Sol. Para ter sua liberdade de volta, Atahuallpa concordou encher de peças de ouro seus aposentos e dar ao espanhol o dobro dessa quantia em prata. Mas Pizarro não tinha intenção de libertar o Imperador.
Enquanto isso, Atahuallpa determinou que matassem Huascar, temendo que este viesse a fazer acordo com Pizarro. O espanhol apressou então a execução de Atahuallpa, acusando-o de ter cometido 12 crimes, dentre os quais o de ter se rebelado contra o Reino da Espanha, praticar idolatria e assassinar Huascar.
Foi julgado e condenado a ser queimado na fogueira. Mas no momento da execução, aceitou ser batizado pelo padre Valverde para diminuir sua pena. Foi então morto por estrangulamento garroteado no dia 26 de julho de 1533.
O irmão de Atahuallpa, Tupac Huallpa, assumiu o poder e mais tarde seu outro irmão, Manco Yupanqui também. Ambos a serviço de Pizarro.
Em outra versão da história, Huascar não foi morto a mando de Atahuallpa. Mas sobreviveu à invasão espanhola tendo fugido para a floresta amazônica.